Координацию всех мероприятий, направленных на защиту и консервацию художественных ценностей города, осуществляла Государственная инспекция по охране памятников (ГИОП; ранее – Отдел охраны памятников Управления по делам искусств Ленгорсовета). В начале войны ее возглавил А.В. Победоносцев, в июле 1941 г. ушедший на фронт. Его заменил Н.Н. Белехов, руководивший инспекцией до 1956 года.

Уже на следующий день после начала войны руководство ГИОП представило Ленгорсовету план первоначальных мероприятий по защите важнейших архитектурно-художественных ценностей города, включавший в себя маскировку промышленных, оборонных и стратегически важных объектов (различные проекты маскировки разрабатывались с 1940 года под руководством главного архитектора города Н.В. Баранова); маскировку куполов и шпилей зданий-памятников, служивших ориентирами для вражеских обстрелов; защиту городских монументов и садово-парковых скульптур; обмер и фиксацию памятников и другие мероприятия.

К работам по сохранению ценностей были привлечены крупнейшие специалисты, архитекторы, искусствоведы, реставраторы, среди которых Л.А. Ильин, Л.М. Тверской, А.П. Удаленков, Б.Н. Николаев, В.П. Соколовский, Г.Г. Римм, В.И. Пиляковский, Я.О. Рубанчик, В.Д. Яковлев, А.М. Соколов, С.Е. Бровцев, А.К. Барутчев и другие. Фиксацией внешнего облика памятников занимались художники-графики В.М. Конашевич, Л.С. Хижинский, В.Д. Двораковский, А.В. Каплун и другие.

Для маскировки ключевых зданий и близлежащих районов использовали сети, развешенные под разными углами и раскрашенные в защитные цвета, соответствующие текущему времени года. Благодаря этому Смольный, например, с воздуха выглядел как большой парк. Кроме этого, в отдельных районах возводились целые кварталы из макетных домов, а Суворовский (тогда – Советский) проспект замаскировали под реку. Изготовлением декораций занимались театральные декорационные мастерские, архитекторы и художники.

Подводя общий итог работы Управления по делам искусств Ленгорсовета по обеспечению сохранности городских памятников во время войны, исполняющий обязанности начальника Управления П.И. Рачинский писал 16 января 1942 года в КПДИ при СНК СССР: «Учитывая, что Ленинград как исторический город имеет большое количество памятников искусства и старины, нами была проведена работа по сохранению и маскировке ряда памятников. В первую очередь работы были проведены по 9 объектам (в числе их: Летний сад с 80-ю скульптурами, 2 кладбища – заповедника Александро-Невская лавра и Литераторские мостки, памятник Петру I на пл[ощади] Декабристов и у Инженерного замка, памятник Ленина у Финляндского вокзала и Смольного. Памятник Николаю I на пл[ощади] Воровского и друг.). Работа по маскировке и снятию памятников продолжается и в настоящее время.
Параллельно была организована работа по фиксации (обмеру) ценнейших монументов города. Проведена фиксация памятников Петр I, Ленин, Диоскуры [и] Атланты Эрмитажа, Шидзи ([Ши-цза]), Киров, Николай I, Вазы и скульптуры Адмиралтейства.
Производятся обмеры Ростральных колонн, Александровской колонны, Румянцевского обелиска. К руководству и выполнению этих работ привлечены ленинградские архитекторы.Проведена работа по укрытию ценностей, находящихся внутри зданий-памятников.
Для ликвидации последствий разрушений и аварий памятников искусства и старины, на базе ЛенИзо при Отделе охраны памятников Управления созданы специальные аварийно-восстановительные мастерские, которые в настоящее время уже проводят ряд восстановительных работ (в бывш[ем] доме Шувалова – на Фонтанке, в Новом ТЮЗе, в музее Этнографии и т.д.)»

Из блокадного дневника академика архитектуры А.С. Никольского:
«Месяц и один день шла бомбёжка города. Месяц и один день жена и я торчали на чердаке своего "жакта". Месяц и один день слушали мы в темени чердака тянущее за душу пение немецких моторов, полный томительного ожидания свист бомб и с не облегчающим облегчением мягко качались вместе с домом от взрыва на этот раз не в нас попавшей бомбы. <...> Не успеешь спуститься с чердака после отбоя, как опять завоет сирена, и опять идешь на чердак. <...> Спать в промежутки между тревогами не имело смысла <...> поэтому я не ложился спать всю ночь и использовал промежутки между тревогами для работы - продолжал делать рисунки к своему “стадиону” и таким образом проводил время до 6 часов утра. <...> Единственная жилая комната во время зимы, температура от минус 2 до плюс 10 градусов. Наконец, чувство самосохранения и здравый смысл подсказали нам, что несмотря на то, что моя жена была зам. начальника МПВО, нам нужно пойти куда-нибудь отоспаться, во избежание катастрофической потери сил нам обоим. Вот тут появился на сцену земельный Эрмитаж с замечательными его работниками»

Из блокадного дневника академика архитектуры А.С. Никольского:
««В один прекрасный день, именно – через месяц и один день с начала бомбежек, – после недели совершенно бессонных ночей, мы с Верой перебрались в третье бомбоубежище Эрмитажа. Главное было – вновь приобретенное спокойствие. И так получилось, что приехав переспать ночь-две, мы прожили в Эрмитаже более двух месяцев и в нем теперь и заканчиваем старый 1941-й год. <...> Вход в третье бомбоубежище для сотрудников Эрмитажа был с малого подъезда Невы. <...> Вход в бомбоубежище 2-е и 3-е – через двадцатиколонный зал, через запасный выход, на двор, под арку. Налево вход во 2-е, направо - в 3-е бомбоубежище. Ночью этот путь от подъезда до выхода в бомбоубежище через переходы и зал Эрмитажа был поистине фантастичным до жуткости. Светомаскировки на больших музейных окнах не было и, следовательно, света зажигать было нельзя. Поэтому в 20-колонном зале, в торцах его, стояли на полу аккумуляторы с маленькими электрическими лампочками. Все остальное было черно, как сажа. <...> Третье бомбоубежище для сотрудников Эрмитажа – подвал под итальянскими залами с просветами. Вдали налево в углу были наши постели. В левом нижнем углу жили Верейские. Наш угол со столом для работы и еды – его делили с семейством Буцов. Буц – пом[ощник] бухгалтера Эрмитажа. [В пятом убежище под египетскими залами] жили архитекторы, художники, вообще люди искусства. Здесь жили архитекторы Гомиль, Ованенко, Гринберг, Кричесвский, Юнберг с женой, Швейцер, художник Тырса, Григорьев из ТЮЗа, скульптор Эллонен из Риги».

Из письма начальника Управления по делам искусств Ленгорисполкома Б.И. Загурского председателю КПДИ при СНК СССР М.Б. Храпченко от 4 апреля 1942 года:
«Там [в Эрмитаже] вымерло много людей. Орбели долго держался, но у него открылись цинготные явления, и последнее время он не мог не только, как бывало, ходить по бесконечным переходам и лестницам Эрмитажа, но даже подняться на первый этаж. Я и тов. Рогинский [нрб.] недавно были в Эрмитаже, в связи с повреждениями, причиненными артиллерийским обстрелом. В первой половине марта в старое здание попал снаряд, знаете, в балкон, что с квартирами. Взрывом разрушена была часть балкона, но мраморные фигуры не пострадали. Совсем недавно в помещения картинной галереи попало шесть снарядов. Мы снова были там. С тяжелым чувством шел я, теперь уже не по пустым только (помните, мы вместе проходили по анфиладам, когда эвакуировали Эрмитаж, как хорошо, что вывезли тогда многое), но и поврежденным залам. Развороченный снарядом кусок крыши, разбитые окна и рамы, поцарапанный пол, песок, насыпанный кучами прямо на паркете, зияющие пустотой золоченые рамы, висящие на стенах, огромная дыра от снаряда в потолке зала, где висели брюлловские картины, - все это так непохоже на прежде нарядный и торжественный Эрмитаж. Велено художникам сделать зарисовки, которые не замедлю переслать Вам.

Сейчас мы наскребли маленькую группу рабочих, чтобы заделать хотя бы пробоины. Не знаю, если мы не подыщем для фундаментальных работ бригады (рабочих не достать, много вымерло, много больных), может придется Вам, Михаил Борисович, снаряжать бригаду из Москвы»

В течение всего периода блокады в Эрмитаже продолжалась хранительская, научно-исследовательская и аварийно-восстановительная работа.

19 октября 1941 года в музее по инициативе И.А. Орбели состоялся вечер в честь 800-летия азербайджанского поэта Низами Ганджеви, а в декабре прошла научная конференция к 500-летию Алишера Навои.

В тяжелейшую зиму 1942 года Б.Б. Пиотровский писал книгу по истории и культуре Урарту, А.Я. Борисов занимался дешифровкой сасанидских надписей, А.Н. Кубе составлял описание собрания итальянской майолики, П.П. Дервиз работал с коллекцией европейского серебра. Постоянно проводились осмотры хранилищ и контрольные вскрытия ящиков, в которых хранились экспонаты. Кроме того, сотрудники Эрмитажа приняли участие в подготовке выставки в соборе Петропавловской крепости (тогда – филиал Музея Революции, он же был организатором выставки) у отреставрированной могилы Петра I. В экспозиции, посвященной полководческой деятельности первого императора, были представлены штандарты петровских времен, гравюры, репродукции о строительстве Санкт-Петербурга.

В конце рекордного по количеству смертей от голода января 1942 года по распоряжению городских властей в здании Малого Эрмитажа был организован стационар на 100 коек для работников Эрмитажа, Русского музея, Музея Революции, Музея этнографии и Музея В.И. Ленина, проработавший до 1 мая этого же года. Заведовала стационаром ученый секретарь А.В. Вильм, а в число медсестер вошли научные сотрудники музея.

В феврале-марте 1942 года было принято решение о консервации музея, сокращении штата сотрудников и обслуживающего персонала. Консервация означала отключение всех систем жизнеобеспечения – электричества, отопления, канализации. В связи с этим были закрыты и знаменитые жилые бомбоубежища; многие работники, нуждающиеся в незамедлительном лечении, были эвакуированы. Так, согласно отчету за 1942 год на 1 января в Эрмитаже оставалось 123 научных сотрудника, за год их число сократилось до 19.

30 марта из Ленинграда в Ереван выехали И.А. Орбели и Б.Б. Пиотровский с группой сотрудников. Исполняющим обязанности директора Эрмитажа был назначен М.В. Доброклонский, состоявший в этой должности до возвращения Орбели в 1944 году.

Оставшиеся сотрудники продолжали делать все возможное для сохранения памятников истории и искусства. Так, в рамках ликвидации последствий обстрелов за 1942 год сотрудниками музея и подрядных организаций было вновь перекрыто железом 750 кв. метров крыши, зашито фанерой 4100 кв. метров оконных переплетов и 310 кв. метров фонарей, расчищено от битого стекла, снега и льда 2100 кв. метра музейных помещений; а уже за период с конца января по начало февраля 1943 года было зашито 4200 кв. метров окон и убрано около 36 тонн битого стекла и снега.

Основные силы немногочисленных сотрудников Русского музея, остававшихся в блокадном Ленинграде (говоря о лекционной работе музея, его директор Г.Е. Лебедев писал, что к весне 1942 года «наличный штат научных сотрудников, имеющих достаточную квалификацию, сократился до трех человек»), были сосредоточены на обеспечении сохранности ценностей и проведении систематического осмотра помещений, в которых они хранились. В 1943 году проводились мероприятия, направленные на предупреждение и ликвидацию последствий повреждений, связанных с повышенной влажностью: из-за того, что в главном здании музея были выбиты практически все оконные стекла, сотрудники опасались за сохранность экспонатов. Особую тревогу вызывали коллекции тканей Отдела прикладного искусства, однако контрольное вскрытие ящиков не выявило никаких опасных последствий сырости.

Важным направлением деятельности также стала работа по приемке на хранение художественно-ценных предметов и коллекций, поступавших в музей от учреждений, художников и коллекционеров. Согласно отчету о работе музея за 1942 год было принято около 25 000 экспонатов, среди которых архивы художников П.А. Шиллинговского, умершего в Ленинграде 5 апреля 1942 года, и Н.А. Тырсы (в январе был эвакуирован в Вологду и умер там 10 февраля 1942 года), коллекция Дома Писателей, материалы закупочной комиссии, произведения К.С. Петрова-Водкина, В.В. Воинова, А.П. Лебедевой-Остроумовой и других художников.

Продолжалась и научная деятельность. Так, в 1942 году была закончена большая монография М.В. Фармаковского «Акварель, ее материалы и меры сохранения и реставрации», Г.Е. Лебедев продолжал работы по изучению русского искусства XVIII века и издал брошюру «В.И. Суриков», Г. М. Преснов работал над темами по истории русской скульптуры, П.Е. Корнилов работал над поступившим наследием П.А. Шиллинговского. За 1943 год сотрудниками музея было подготовлено к печати 7 научных работ и 7 статей для журналов и газет, на заседании Ученого совета прочитано 11 докладов и 12 докладов сделано в других учреждениях (Эрмитаж, ЛОССХ, Дом ученых), в воинских частях, госпиталях и на радио прочитано 43 лекции.

Из письма начальника Управления по делам искусств при Ленгорисполкоме Б.И. Загурского начальнику КПДИ при СНК СССР М.Б. Храпченко от 16 августа 1943 года:

«Недавно я, проф[ессор] Макаров, нач[альник] охраны памятников Белехов и хранитель музейных ценностей Крылов выезжали в Ораниенбаум и старый Петергоф. Удалось установить связь с группой фронтовых художников. Мы поручили им сделать зарисовки в красках росписей Катальной горки, Петерштадта, дворца Меньшикова.

<...>

Теперь несколько слов о самих дворцах. Единственно уцелевшими (но и они находятся под постоянным обстрелом) являются Ориенбаумсие дворцы. Петергофские, как мы выяснили в эту поездку, погибли. От Английского дворца остался один фундамент, от “собственной дачи” Николая I – развалины, центральный (с фонтанами) Петергофский дворец погиб тоже. Тем более надо сохранить Ориенбаумские, где в мирное время было очень мало реставрационных работ и где искусство, как ни в одном из других дворцов, сохранилось в наиболее подлинном виде. Когда мы приехали, первое, что бросилось в глаза – заботливый уход за парком и зданиями. Охрану взяли на себя воинские части, вернее – художники, оказавшиеся рядовыми в частях, расположенных в Ориенбауме. В результате заботы с их стороны в парке прекратились порубки, а повреждения от артиллерийских обстрелов быстро устраняются.

В залах мы нашли первоклассные произведения Торелли, Ротари, Гроота. Их не успели, видно, вывезти, но они целы и сохраняются комендантом в Китайском дворце.

Коль скоро заговорили о музеях, скажу несколько слов об Эрмитаже и Русском музее. С Эрмитажем недавно было очень хлопотно. Поставили у самого “Зимнего” крейсер, за которыми давно охотятся немцы. Ко всему подвалы Эрмитажа стали занимать под склад снарядов. Стоило больших мне трудов перевести крейсер на другое место и убрать из дворца склад снарядов. На упорных военачальников, не признававших никаких резонов, пришлось жаловаться в Военный совет. После приказа оттуда “машина завертелась быстро”, и я даже удивился, как быстро ушел корабль и как быстро освободили подвалы. А я предупреждал начальников, силой занявших дворец, что придется им перетаскивать все обратно. Так и вышло, но я, как видите, в их напрасных трудах не виноват.

В Русском музее недавно провели проверку хранения художественных ценностей. Длительное хранение в неотапливаемом помещении, несмотря на проветривание летом, все же дает себя знать. На нескольких картинах появилась плесень. Собираю днями ученых, надо придумать, что делать. Освободить картины от упаковки и дать им “подышать”– опасно. Русский музей много видел уже за это время и бомб, и снарядов. Счастье, что строился так, что помещение стоит себе и стоит и надежно. Вот несколько дней тому назад четыре снаряда угодило в здание. Я выглянул в окно (Управление теперь расположено рядом) и испугался: всю площадь застлало дымом. Мне подумалось – пожар. Я прибежал в музей, скоро туда прибыл и Корнилов, зав[едующий] Изо отделом. Оказалось, что мы принимали за дым пыль и кирпич от разорвавшихся снарядов. Картины, хранящиеся в бронированных кладовых и в укрытых переходах, не пострадали».